مسوولیت نوشیدن جام زهر بر گردن خامنه‌ای ، خبرگزاری رسمی دولت نوشته که هر تصمیمی درباره مذاکرات هسته‌ای، به طور مستقیم زیر نظر خامنه‌ای گرفته می‌شود و «مخالفان منتقدنما»ی دولت از این امر آگاه هستند.
در حالی که کمتر از ۱۰ روز به ضرب‌الاجل ۳۰ ژوئن برای رسیدن به توافق جامع هسته‌ای میان ایران و گروه ۱+۵ مانده و به نظر می‌رسد که مخالفت رهبر جمهوری اسلامی با «بازرسی از مراکز نظامی» در چارچوب پروتکل الحاقی تبدیل به یکی از گره‌های کور پرونده شده است، خبرگزاری رسمی دولت جمهوری اسلامی نوشت که تیم مذاکره‌کننده هسته‌ای «چاره‌ای جز پذیرش پروتکل الحاقی و پیمودن روند اعتمادسازی ندارد».
رویترز روز جمعه ۱۹ ژوئن نوشته بود که تیم مذاکره‌کننده ایرانی با وجود اعلام عمومی اینکه اجازه دسترسی به سایت‌های نظامی داده نخواهد شد، با این دسترسی‌ها موافقت کرده است.
علی خامنه‌ای روز چهارشنبه ۳۰ اردیبهشت گفت که اجازه بازرسی از هیچ‌کدام از مراکز نظامی و همچنین مجوز مصاحبه با دانشمندان هسته‌ای به بیگانگان داده نخواهد شد. وی تاکید کرد که اگر کسی منتظر است ببیند تصمیم نظام چه می‌شود، بداند که اجازه بازرسی از مراکز نظامی و مصاحبه با دانشمندان هسته‌ای مطلقاً داده نمی‌شود.
مقام‌های عالی‌رتبه سپاه هم نسبت به مسأله بازرسی از اماکن نظامی واکنش جدی نشان داده‌اند. حسین سلامی جانشین فرمانده کل سپاه پاسداران گفته است که هر کس درباره بازرسی از اماکن نظامی سخن بگوید، «جوابش را با سرب داغ خواهیم داد».
با این حال ارنست مونیز وزیر انرژی آمریکا در مصاحبه‌ای با شبکه پی‌بی‌اس اظهار کرد که برای راستی‌آزمایی توافق، دسترسی هم به اشخاص و هم به سایت‌ها ضروری است و بدون این دسترسی، «قطعاً» توافقی در کار نخواهد بود.
خبرگزاری دولتی ایرنا در مطلبی که در ابتدای گزارش ذکر شد، با اشاره به این که ایران «سال‌ها پیش (۱۳۸۲ خورشیدی) در دولت اصلاحات این پروتکل را داوطلبانه پذیرفت و به اجرا درآورد»، نوشت که این موضوع نه تنها جزو خطوط قرمز نظام نیست، بلکه امری فنی است و سیاسی هم نیست.
در این مطلب از دولت نهم برای تیره شدن فضای روابط میان ایران و غرب و فراهم آوردن موجبات «تحمیل ۶ قطع‌نامه تحریمی» انتقاد شده و نویسنده به مخالفان توافق در داخل نظام این‌گونه تاخته است: «بعد از تفاهم مشترک در سوییس و پذیرش داوطلبانه‌ی پروتکل از جانب تیم دیپلماسی کشورمان، بهانه‌ی لازم برای کارشکنی و فرافکنی برخی افراد و گروه‌های تندرو فراهم شد و در این راه فرهنگ سیاست‌زده‌ی جامعه نیز به یاری آن‌ها آمد تا بلکه صدای اعتراض خود را بالا ببرند».
ایرنا با تذکر این نکته که «تیم دیپلماسی ایران به منظور خارج شدن از زیر فصل هفتم منشور ملل متحد که به ناحق بر کشور ما تحمیل شد چاره‌ای جز پذیرش پروتکل الحاقی و پیمودن روند اعتمادسازی ندارد»، نوشت: «پذیرش پروتکل به معنای پذیرش بی قید و شرط اجازه‌ی بازرسی از هر مکان و در هر زمانی نیست؛ چرا که آژانس بین‌المللی انرژی اتمی برای بازرسی از هر نقطه‌ای باید دلیل و مدرک‌های کافی ارایه دهد. بنابراین در پذیرش پروتکل الحاقی که از سوی کشورها به [صورت] داوطلبانه پذیرفته و اجرایی می‌شود، ایران می‌تواند پیش‌شرط‌هایی لحاظ کند که از میزان نگرانی‌های امنیتی خود بکاهد».
یکی از نکات برجسته این مقاله، اشاره به نقش رهبر جمهوری اسلامی در توافق است. ایرنا به مخالفان یادآوری می‌کند که اگر هر توافقی صورت بگیرد، علی خامنه‌ای هرچند در عرصه عمومی چیز دیگری بگوید، با آن موافق بوده است:«مخالفان منتقدنما خود از این امر آگاه هستند که تصمیم‌گیری پیرامون گفت‌وگوهای هسته‌ای به طور مستقیم زیر نظر رهبری و با تصمیم‌گیری شورای عالی امنیت ملی انجام می‌شود و وزارت امور خارجه تنها وظیفه‌ی اجرایی‌کردن تصمیم‌ها را بر عهده دارد».
